Facultad: Ingeniería
Maestría: Maestría en Biología Computacional
Materia: Algoritmos de la Biología Computacional
Algoritmos para el alineamiento de secuencias
Todos los algoritmos publicos disponibles hacen lo mismo..
.. alinear secuencias usando matrices de sustitucion de aminoacidos y penalizaciones por espacios afines o affine gaps penalties.
Esto es rapido pero no optimo..
.. el alineamiento de proteinas es mas acertado usando perfiles de secuencias y penalizaciones por espacios especificas de posición o position specific gap penalties.
Es decir, el costo del espacio depende de la estructura.
Uno debe implementar su propio algoritmo de alineamiento para hacer esto.
Excepto que no es tan simple.
Los algoritmos son muy complejos
Código iFrame
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